黄山市总工会前身是徽州地区工会办事处,成立于1949年,经过60多年发展壮大,目前下辖屯溪区、黄山区、徽州区三个区总工会和歙县、休宁县、祁门县、黟县四个县级总工会,以及两个比照县级工会管理的黄山风景区工会、黄山高新区总工会。
市总工会机关内设办公室(网络工作部、财务和资产管理部)、组织宣教部、劳动与经济工作部、权益保障部(女职工部)、经费审查委员会办公室5个部室。